¿Qué aprenderás en este curso?

✅ Comprender los principios fundamentales de la genómica bacteriana y su aplicación en investigación y salud pública.
✅ Utilizar sistemas operativos basados en Linux y herramientas de línea de comandos para análisis bioinformáticos.
✅ Acceder, explorar y descargar genomas ensamblados y datos crudos desde bases de datos como NCBI, ENA, Enterobase y PATRIC.
✅ Evaluar la calidad de secuencias (fastq), realizar trimming y ensamblajes de novo de genomas bacterianos.
✅ Aplicar métodos de genotipificación como MLST, identificar filogrupos, serotipos y complejos clonales.
✅ Detectar genes de resistencia antimicrobiana (AMR) y virulencia utilizando bases de datos especializadas como ResFinder, CARD, AMRFinder2 y VFDB.
✅ Construir y visualizar pangenomas para estudiar la diversidad genética dentro de una especie bacteriana.
✅ Realizar análisis filogenómicos, alineamientos y construir árboles filogenéticos con herramientas especializadas.
✅ Visualizar resultados complejos mediante mapas de calor y árboles con metadata usando R