¿Qué aprenderás?

Este curso ofrece una formación práctica en modelado molecular aplicado al diseño racional de fármacos, integrando herramientas de simulación computacional para estudiar las interacciones entre proteínas y moléculas candidatas. Los participantes aprenderán a preparar estructuras proteicas para estudios in silico, considerando aspectos como limpieza de estructuras, selección de cadenas, revisión de residuos, adición de elementos necesarios y generación de archivos adecuados para simulaciones.

Se abordarán estrategias de docking molecular para predecir posibles modos de unión entre ligandos y proteínas, así como criterios básicos para analizar y comparar las interacciones obtenidas. Posteriormente, se introducirá la dinámica molecular con GROMACS, revisando la preparación de sistemas, parametrización, solvatación, minimización de energía, equilibración y ejecución de simulaciones, junto con el análisis de parámetros que permiten evaluar la estabilidad y comportamiento del complejo proteína-ligando.

Al finalizar, el estudiante será capaz de preparar estructuras moleculares, realizar estudios de docking y ejecutar flujos básicos de dinámica molecular con GROMACS, interpretando los principales resultados para apoyar investigaciones de descubrimiento y optimización de candidatos a fármacos.